Tujuan sekolah sebagai bagian dari tujuan pendidikan nasional adalah meningkatkan kecerdasan, pengetahuan, kepribadian, akhlak mulia, serta keterampilan untuk hidup mandiri dan mengikuti pendidikan lebih lanjut. Secara lebih rinci MA Al Kautsar Banjar adalah sebagai berikut :
- Output memiliki keunggulan dalam hal
- Keimanan dan ketaqwaan pada Tuhan yang maha esa sebagai sekolah yang berciri khas islam
- Nasionalisme dan Patriotisme yang tinggi
- Wawasan IPTEK yang mendalam dan luas
- Motivasi dan komitmen yang tinggi untuk mencapai prestasi dan keunggulan serta memiliki kepribadian yang kokoh dengan melibatkan peran serta lingkungan masyarakat
- Kepekaan social dan kepedulian
- Disiplin yang tinggi yang ditunjang olaeh kondisi fisik yang prima
- Secara institusional
- Menjadikan madrasah yang mampu menyelenggarakan pendidikan secara profesional;
- Meningkatkan kualitas semua sumber daya manusia baik tenaga pendidik, tenaga kependidikan, dan peserta didik yang dapat berkompetisi baik lokal maupun global.
- Meningkatkan program ekstrakurikuler dengan mewajibkan pramuka bagi seluruh warga, agar lebih efektif dan efisien sesuai dengan bakat dan minat peserta didik sebagai salah satu sarana pengembangan diri peserta didik;
- Mewujudkan peningkatkan kualitas lulusan yang memiliki sikap, pengetahuan, dan keterampilan yang seimbang, serta meningkatkan jumlah lulusan yang melanjutkan ke perguruan tinggi;
- Menyusun dan melaksanakan tata tertib dan segala ketentuan yang mengatur operasional warga sekolah;